I Taller de Bioinformática
19 de mayo de 2004
MACN - Buenos Aires

Programa

14:00-14:30 hs. Introducción general y presentación de los participantes Javier Beltrán y Alejandro Tablado
14:30-14:50 hs. Repaso breve de lo comprometido en el ámbito del Proyecto GBIF. Esquema de trabajo acordado en al ámbito de las instituciones piloto Javier Beltrán
14:50-15:10 hs. Aporte de SECyT/CONICET al desarrollo informático de la RNCB ausente con aviso
15:10-15:40 hs. Sistema de Información sobre Biodiversidad de la Administración de Parques Nacionales M.Sc. Daniel Somma
15:40-16:10 hs Base de datos Biótica: resultado inicial de su aplicación en el ámbito de colecciones zoológicas piloto (Reptiles UNNE) María Fernanda Golobisky
16:10-16:30 hs. Intervalo y café
16:30-17:00 hs. Base de datos Iris: resultado de su aplicación en el ámbito de los herbarios piloto (Darwinion, IMBIV, IBONE, INTA) Daniel Rodríguez
17:00-17:30 hs. Adopción de Biótica como modelo para elaborar base de datos propias Mariano Merino
17:30-18:00 hs. MACN, adaptación de Biótica al entorno Lynux Gustavo Presta y Alejandro Tablado
18:00-18:50 hs. Registro de bases de datos - Programa DiGIR Mariano Merino
18:50-19:00 hs. Conclusiones generales
19:00 hs. Vino de camaradería

 

Informe de Resultados
por Javier Beltrán

El taller formó parte de las actividades previstas en el Proyecto “Red Nacional de Colecciones Biológicas: conjuntos de datos pilotos y fondo semilla para disparar la distribución electrónica de información sobre biodiversidad en la Argentina”, que recibe financiamiento del GBIF. Los objetivos del taller fueron los siguientes:

  1. Revisar lo conseguido en cuanto a la informatización de los 22.000 datos comprometidos por las diez instituciones piloto, como parte del acuerdo firmado en septiembre de 2003;

  2. Definir líneas comunes de acción y un plan para profundizar el intercambio de experiencia y tecnología entre las colecciones; e

  3. Identificar los problemas que dificultan el cumplimiento del compromiso asumido con el GBIF, en cuanto al registro de las bases de datos que contengan al menos 213.000 registros a fines de 2004 (mediante el uso del paquete DiGIR).

En el Anexo I se incluye el programa del taller en el que participaron 30 personas en representación de 14 instituciones de todo el país (Anexo II).

Los resultados más destacados de la reunión se pueden resumir en los siguientes puntos:

    1. Se observa un gran avance en la formulación de estrategias institucionales de informatización de datos básicos sobre especimenes y otras muestras biológicas. Todas las instituciones participantes han logrado un significativo progreso en la planificación y el desarrollo de un sistema moderno para la captura y el procesamiento de información sobre biodiversidad.

    2. El avance conseguido hasta ahora va en línea con las expectativas planteadas en el Proyecto GBIF pero tiene características heterogéneas. Esta condición, sin embargo, le brinda una enorme riqueza y permite la búsqueda de opciones conceptuales y técnicas que confluyan lentamente a la definición de una estrategia consolidada para la totalidad de la RNCB.

    3. Algunos de los enfoques encarados por las instituciones son los que se detallan a continuación:

Las recomendaciones principales surgidas del taller son las siguientes:

  1. Intercambio entre técnicos de distintas colecciones: la variedad observada de enfoques institucionales incrementa los potenciales beneficios de realizar un intercambio interinstitucional fluido que facilite, en la medida de lo posible, la transferencia de tecnología y experiencia entre los coordinadores del Proyecto GBIF. El intercambio tiene que ser amplio e involucrar no sólo la circulación electrónica de documentos y protocolos, sino también las visitas de capacitación programadas de institución a institución.

  2. Definición de un conjunto de estándares mínimos: un paso previo necesario para lograr la diseminación amplia de los datos colectados consiste en la definición de un conjunto de estándares mínimos (geográficos, taxonómicos, curatoriales, etc.) que sean compartidos por todas las colecciones. Esto no implica necesariamente un enorme esfuerzo en términos de tiempo (puede hacerse como parte del II Taller de Bioinformáticos, ver más adelante), sino más bien una inmejorable oportunidad para realizar un esfuerzo de planificación conjunta que luego se puede extender a otros parámetros. La propuesta fue sugerida por Daniel Somma, de APN, y serviría para encontrar alternativas que involucren a instituciones que no forman parte de la RNCB.

  3. Registro de las bases de datos con DiGIR: este programa es el que es promovido por el GBIF para el registro de bases de datos de estándares reconocidos a escala internacional. En principio, la aplicación de este paquete requiere la aplicación de protocolos y estándares cuya comprensión no es sencilla (Darwin Core o ABCD Schema). Es preciso llevar a cabo una práctica breve de instalación y uso del programa con la supervisión de Mariano Merino, quien participó del taller realizado en el INBio de Costa Rica, en noviembre del año pasado.

  4. Constitución de un equipo informático propio: esta es una recomendación de largo plazo, pero que es esencial para que todas las instituciones formalicen una estrategia abarcadora de manejo del conocimiento sobre la biodiversidad. Las opciones son varias: desde la formación de asociaciones como la que llevan a cabo el MLP y la UNLP, hasta la designación de informáticos (del Conicet, la Secyt, etc.) en las instituciones de la Red.

  5. Elaboración de una propuesta para adoptar un enfoque de código abierto: el tema de licenciamiento de los paquetes comerciales no es menor. Julio Tillería recomendó que las instituciones se empiecen a esforzar en el desarrollo de soluciones informáticas que trabajen con el concepto de código abierto (“open source”). El uso extendido de este tipo de programas reducirá los problemas asociados a la falta de financiamiento crónico de las instituciones de la Red y disminuirá la posibilidad de que existan “callejones sin salida” tecnológicos.

  6. Realización de un II Taller de Bioinformáticos: la enumeración de las recomendaciones aquí señaladas sirve para resaltar la necesidad de realizar una segunda reunión de bioinformáticos en el menor plazo posible. El Dr. Edgardo Romero ofreció al MACN como sede de este segundo taller, que tendría lugar hacia fines del mes de junio.

Lista de participantes

Nombre

Institución

Email

Dra. Mirta Arriaga

MACN

marriaga@macn.gov.ar

Lic. Federico Bava

APN

fbava@apn.gov.ar

M.Sc. Javier Beltrán

MACN

jabeltran@ciudad.com.ar

Ing. Federico Barrada de Zavalía

FML

atlass@arnet.com.ar

Dr. Luis Compagnucci

MACN

luis.compagnucci@yahoo.com.ar

Lic. Fabiana Cuezzo

INSUE

fcuezzo@csnat.unt.edu.ar

Lic. Hernán Dinapoli

MACN

dinapoli@macn.gov.ar

Dra. María Rosa Figueroa Roman

FML

fmlbot@tuccbs.com.ar

Lic. María Fernanda Golobisky

UNNE (Herpetología)

mfgolo@exa.unne.edu.ar

Dr. Roberto Gómez Cadret

MACN

rgcadret@macn.gov.ar

Dr. Atila E. Gosztonyi

CENPAT

goszto@cenpat.edu.ar

Dr. María Graziani

APN

mgraziani@apn.gov.ar

Prof. Martín Izquierdo

APN

mizquierdo@apn.gov.ar

Dra. Mónica Inés Longobucco

MACN

mlongobucco@macn.gov.ar

Lic. Claudia Lovera

UNNE (Paleontología)

claudialovera@arnet.com.ar

Dr. Mariano L. Merino

MLP

mlmerino@fcnym.unlp.edu.ar

Ing. Ramón Palacios

FCEN

palacios@bg.fcen.uba.ar

Sr. Gustavo Presta

MACN

gustavo@sigmacomp.com.ar

Dra. María Cecilia Puigbó

IBONE

ibone@agr.unne.edu.ar

Dr. Hugo Ramen

UNLP

hramen@lidi.info.unlp.edu.ar

Dr. Martín Ramírez

MACN

ramírez@macn.gov.ar

Lic. Miguel Regnet

UNNE (Herpetología)

miguelregnet@argentina.com

Dr. Edgardo Romero

MACN

director@macn.gov.ar

Ing. Daniel Rodriguez

Instituto Darwinion

drodriguez@darwin.edu.ar

Dr. Virgilio Roig

IADIZA

vroig@lanet.com.ar

Dra. Cristina Scioscia

MACN

scioscia@macn.gov.ar

M.Sc. Daniel Somma

APN

dsomma@argentina.com

Lic. Alejandro Tablado

MACN

tablado@macn.gov.ar

Lic. Julio Tillería

CIRN-INTA

jtilleria@cirn.inta.gov.ar

Dr. Edgardo Tremouilles

MACN

edgtrem@muanbe.gov.ar



Inicio